凌晨突袭
1987年9月3日凌晨，在政变指挥中心的命令下，驻扎在首都的陆军和伞兵进入首都布琼布拉，随即占领电台、通讯设施、政府机构等要害部门，切断了布琼布拉与外界的一切联系，控制了市区。政变部队逮捕了国家保安局局长恩达巴内泽中校，武装部队参谋长卡伦佐上校和国防秘书长波罗塔上校被软禁。在整个政变过程中，没有遇到有组织的抵抗，几乎没流一滴血。
下午5时40分，以陆军最高司令部的名义发表公告宣布，布隆迪武装部队在分析了国家严重的社会经济形势后，决定解除巴加扎的总统、乌普罗纳党中央委员会主席、武装部队最高司令、政府首脑等一切职务，解散乌普罗纳党中央委员会、国民议会和巴加扎政府，并停止实施宪法，还决定成立救国军事委员会接管政权。公告还宣布，政府所有的部长、乌普罗纳党和布隆迪司法委员会的领导成员全部被解职。公告指责巴加扎随心所欲的经济政策以及不顾后果的内政外交，使布隆迪经济出现危机、社会陷于混乱、与邻国的关系不正常，过激的宗教政策引起教育系统的混乱和教徒的迷惑。