于是延续多年的所谓东林和阉党的斗争又在崇祯朝重新展开，各自使出浑身解数，欲置对方于死地。崇祯皇帝只能喟然长叹道：“诸臣但知党同逐异，便己肥家。”因此国事也就日见糜烂，乃至不可挽救。这种门户之见，党派纷争一直延续到南明诸小朝廷。激烈的争斗使得皇帝不得不依靠身边的宦官，宦官代天子而行使各项权力，无形中成为各派争夺的对象，围绕争权夺利逐步形成贿赂公行、利益交换、腐败盛行的利益链。官场和宫廷就成了经济、政治利益的交换场所，名利地位的斗兽场，呈现狗咬狗一嘴毛的朝政乱局。
明末崇祯的清廉是出名的，但并不意味他身边人的清廉，整个皇亲国戚利益集团的巧取豪夺，及代天子行事的太监集团和官僚集团头目的富可敌国，也是有目共睹的事实。是这些人的所作为打造了帝国腐败堕落的名片，党争争抢的这张名片在行为潜规则中都渗透着血腥和贪腐，加速了帝国的离心离德遂至解体。包括东林党人和复社集团也不能置身其外，比如吴昌时和周延儒都是名副其实的大贪官、大奸臣。