美国参谋长联席会议权衡再三，最后还是决定在太平洋战区不设统一的指挥机构。麦克阿瑟被任命为西南太平洋盟国最高司令，管辖澳大利亚、所罗门群岛、俾斯麦群岛、新几内亚和菲律宾。尼米兹将军则被任命为太平洋海区总司令，管辖除中南美洲航线以外的其他太平洋海区。后来，在谋求“太平洋第一”的战略问题上，金和麦克阿瑟将军的观点一度相同。麦克阿瑟坚决支持金，要求尽快在太平洋进行反攻。可真到计划反攻时，两人却在进攻路线的选择上发生了分歧。
金与麦克阿瑟的矛盾一直闹到华盛顿。这次马歇尔将军站在海军一边支持金。1945年5月，在华盛顿召开的代号为“三叉戟”的会议上，马歇尔将军提出一个非常有利于海军的妥协方案。他不顾麦克阿瑟的强烈反对，同意开辟中太平洋战线，并以此作为向日本进攻的主要战略方向。
会议一结束，金马上飞往旧金山与尼米兹制定详细的中太平洋作战计划，任命曾指挥中途岛海战的斯普鲁恩斯海军中将为美国中太平洋舰队司令(美国第5舰队)。
1944年初，经过精心准备，美国陆海军在西南和中太平洋两个方向向日本发动了大规模反攻。这两支部队就像两把锋利的匕首，很快撕开了日军的防线。两路大军交替掩护进攻，相互呼应。在中太平洋先后攻占夸贾林岛、印度尼西亚群岛和塞班岛，8月10日占领关岛，日本本土已遥遥可见。在西南方面，麦克阿瑟攻占所罗门群岛、干布维岛。1944年12月，两路大军会师于棉兰老岛，矛头直指菲律宾。