监管活动更具专业性。对食品药品安全的监管是专业性很强的监管活动，这就需要设置由具备专业知识的人员组成的专门机构。独立的监管机构有助于发挥专业上的优势，不断积累行业管理知识和信息，更有针对性地解决专业领域内的问题。
实践证明，监管机构缺乏独立性，会严重影响监管绩效。首先，我国很多食品药品监管机构在承担监管职能之外还兼具宏观调控或微观管理职能，甚至对有些机构来讲，监管成了副业，只是稍带进行，这导致大量监管空白。其次，多个机构的存在，使得监管权力在食品生产、流通、消费等环节上被硬性分割和交叉重叠，造成有些监管领域和事项监管过度。有些企业被重复罚款和被要求重复提交各种材料，或受到不同部门的重复检查。最后，监管机构缺乏独立性，就会受制于部门利益，难以做到监管执法上的公正，或导致资源利用的低效率和不作为现象，易于产生腐败和机会主义行为。
食品药品监管宜实行中央一级垂直管理
实行中央一级垂直管理是发达经济体的明显特征。美国、加拿大等发达国家的食品药品安全监管的高绩效一直是被世界所公认的，它们大多建立的是由中央监管机构控制的垂直一体化的监管体制。中央政府部门拥有很大的食品安全监管权限，同时承担着主要的食品安全监管责任，地方政府监管权限和责任较小，大多对规模较小的餐饮企业和零售业实行监管。