鉴于义军声势浩大，到处出击，洪承畴又力不从心，崇祯帝便于此年八月任命湖广巡抚卢象升总理直隶、河南、山东、四川、湖广等处军务，率总兵祖宽、祖大乐，副将李重镇所统关辽兵和当地驻军夹剿，并赐其尚方宝剑。这样一来，西北便由洪承畴督剿，东南则有卢象升督剿。内战规模大大升级。
在崇祯八年底至次年上半年，以闯王高迎祥为主力的农民军在河南、安徽、湖广等地与卢象升部厮杀。崇祯九年（1636）正月，闯王高迎祥、八大王张献忠等部东出河南、安徽，一度曾围攻滁州，威胁南京。卢象升等拼死救援，才把他们又压回河南。在河南大战后，农民军又杀回到陕西。
与此同时，李自成等部在陕西与洪承畴对杀，互有胜负。
崇祯帝为了扭转局势，先于三月再次严令卢象升等限期剿灭农民军，加强军事攻势。至五月，崇祯帝又发布“大赦山西陕西胁从群盗”诏书，招抚“胁从”，瓦解义军。崇祯帝希望通过剿抚并取、双管齐下的办法，尽快扑灭战火。