仗越打越大。崇祯帝于崇祯七年（1634）初任命原延绥巡抚陈奇瑜为兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川诸省军务，赋以全权，围剿从陕晋逸出之敌。
但这位被崇祯帝寄予厚望的陈奇瑜，在围剿即将大功告成之际，竟上了农民军的当，让农民军轻易逸出包围圈，形势陡然紧张。崇祯帝大怒之下，下令撤职查办，并于此年的十二月任命洪承畴为兵部尚书，出任五省总督，同时，从全国各地调拨精兵，试图于半年之内把李自成等人消灭在河南。
面对朝廷的凶猛围剿之势，崇祯八年（1635）正月，农民军“十三家七十二营”将领在河南汇集，其中高迎祥、张献忠率领的一支，直奔明朝中都凤阳杀去，并很快占领了凤阳，放火烧掉了明太祖朱元璋父母的皇陵和龙兴寺，并打出了“古元真龙皇帝”的旗号，彻底与朝廷撕破了脸皮。
凤阳之变，朝野大震。从此以后，没有人再敢轻视这支土头土脑的农民军了。凤阳之变，同时也标志着帝国的内乱已发展到了前所未有的程度。辽东的外患，与中原的内乱，在崇祯帝心目中，已摆到了同等重要的位置了。