同样是在这个时段内，于第二阶段兴建、位于克里特岛腹地的王宫也遭到了摧毁。马里纳托斯承认，克诺索斯、派斯托斯、特里亚达教堂、特里索斯和斯拉沃坎波斯等地不可能遭到巨浪的直接打击，但他觉得特拉火山大爆发应该诱发了地震，引发了大火不说，还让克里特岛的建筑物遭到了破坏。顺带一说，克里特岛每个世纪都会遭到3～4次地震侵袭。
还有第三种可能性存在，那就是有人刻意纵火并发动破坏，也就是说，居住于希腊内陆地区的人发动了入侵。不过克里特岛上有很多人熬过了这轮大灾难，这座岛屿在接下来一百来年间仍然在繁荣发展。到公元前1400年左右，岛上的文明开始衰落，最后彻底消失。
人们在克里特找到了三种文字形式，其中有一种非常古老的图画文字和两种线性文字。埃文斯将它们分别称为线性文字A和B。克里特人在公元前2000—1750年之间使用其中最早的文字（或称象形文字），里面有各式各样的图形，比如脑袋、手部、星星和箭头。公元前1750—1450年之间，这些图形得到了简化，成了埃文斯所说的线性文字A，这种文字分布于克里特岛上的很多地方，其中有一处离派斯托斯几公里远，埋藏了150多块刻有该类文字的泥板。这处遗址的古代名称尚不可考，今人将其称作特里亚达教堂，这个名字得名于附近的一处同名教堂。研究者很早之前就认识到这些泥板上刻着的是一系列农产品，那个时候还压根没人能解读线性文字A，要等很久才能有人解密其含义。