问题的根本在于哈尔的基本指令与安全需求之间的冲突。总统先生曾亲自下达指令，TMA-1的存在必须列为最高机密，只有经过批准的人才准许获得相关资料。
当TMA-1被挖掘出土并且向木星方向发射信号时，发现号远征木星的任务已经进入最后的规划阶段，舰上主要人员(鲍曼和普尔)的任务只是将宇宙飞船驶往目的地，他们并未被告知有一个新的探险目标。为减低泄密的风险，执行调查任务的小组人员(卡明斯基、亨特、怀特黑德)除了被隔离训练之外，在出发前就已经被安排进入低温睡眠状态。
我想提醒你的是，当时(请参阅我的备忘录，编号NCA 342/23绝密，2001年4月30日)我曾提出许多理由反对这项做法，但都被高层驳回。
由于哈尔有能力独立驾驶宇宙飞船，不需人类的协助，因此他们决定扩增哈尔的程序，让他可以在舰上人员无法执行任务或死亡时，自动接掌任务。因此，他完全了解此行的目的，但不允许透露给鲍曼和普尔。
这种安排与当初设计哈尔的目的发生了严重冲突，因为根据原先的设计，他必须非常精准地、毫无曲解地、毫无隐瞒地处理所有信息。如此一来，哈尔罹患了人类所谓的“精神错乱”，具体说，就是“精神分裂症”。C博士告诉我，以专业术语来说，哈尔陷入了一个所谓“霍夫施塔特—莫比乌斯循环”里。这种症状在先进的计算机里并不罕见，尤其是在执行“自动目标搜寻”程序的时候。他并且建议，若需要进一步的数据，请联系霍夫施塔特教授本人。