北宋庆历五年（1045年）八月，包拯担任辽国正旦使，出使辽国，并顺利完成了使命。回朝后，包拯根据自己在辽国的观察，上疏建议朝廷挑选“素习边事”的将领守边，并重视代州（今山西忻州代县）的将领选择，以应对边境突发的情况。此后，他又历任三司户部判官，于庆历六年（1046年）六月，正式出京任京东路（治今河南商丘）转运使。
北宋庆历八年（1048年）五月初二，包拯调任河北路（今河北大名）转运使；六月二十二，他又入朝任三司户部副使。当时出现了这样一种状况：秦陇斜谷务所的造船木材，一概向百姓征收索取；有七个州交纳河桥竹索的赋税，一般有几十万。如此下去，会让百姓苦不堪言，于是包拯奏请朝廷，要求废除这些不合理的赋税，百姓才得以解脱。之后，宋朝又遭遇辽国在邻近边塞地区集结军队的猛烈袭击，边境州郡渐加戒备，朝廷立即命令包拯前往河北调发军粮。包拯说：“漳河地区肥沃的土壤，百姓不能耕种，邢、沼、赵三州农田一万五千顷，一概用来牧马，请求把这些全都分给百姓。”赵祯听从了他的意见，百姓也因此逃过一劫。
北宋皇祐二年（1050年），包拯受任为天章阁待制、知谏院。在一次早朝期间，他当着皇帝跟大臣们的面，论述并斥责了那些权贵得宠的大臣，并请求免去一切由内廷施予的曲意恩赐。此外，他又依次递上唐代魏征的三条奏疏，希望放在座位右侧，作为借鉴。之后他还不肯罢休，居然还给皇帝提了七条建议：应当明于听取采纳，分辨朋党，爱惜人才；不坚持先入为主的说辞；请求废除苛刻不宽厚的做法；抑制侥幸投机得官；正刑法明禁令；戒除兴建劳作；禁止妖言妄说等。听完他的这几条建议，仁宗赵祯非但没有因为他事儿多而反感他，而且连连点头，并一一加以施行。