汉明帝立马将窦林罢免，之后有人弹劾窦林贪赃枉法，就直接将他下狱处死。汉明帝下诏责备窦融对后辈约束不力，吓得年迈的窦融上交印绶，提前退休回家。
窦林案之后，窦融之子窦穆也摊上大事。
窦融的封地在安丰，与之相邻的是六安国。窦穆贪图六安国的封地，想靠姻亲关系将六安国据为己有，竟然伪造汉明帝母亲阴太后的诏书，命令六安侯离婚，改娶窦氏家族的女儿。汉明帝正愁逮不着机会，得知此事后大怒，将窦穆等在朝为官的窦氏亲属全部罢免，命他们返回故郡。
眼见家族命运急转直下，窦融在恐惧中病逝。窦氏家族第二次盛极而衰。
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这一回，权势与荣耀，并没有让窦氏家族苦等太久，他们凭借着与皇族错综复杂的关系，在帝国的斗争中始终有一席之地。窦氏家族卷入政治危机时，有少数成员幸免于难，如窦融的侄子窦固。他娶的是汉光武帝与阴丽华的掌上明珠涅阳公主，算起来是汉明帝的妹夫。
东汉初年，北匈奴频频南下侵扰，成为朝廷心腹大患，河西一带边患尤为严重。窦固抓住机遇，在对匈奴战争中屡建奇功。
永平十六年（73年），汉明帝分兵四路出师西域，反击北匈奴，其中窦固与耿忠一路从酒泉出发。当年卫青成名之战的神奇经历再度上演。四路军队中，只有窦固一路杀到天山，将北匈奴呼衍王所部痛打一顿，斩首千余级，追击至蒲类海（今新疆巴里坤湖），其他三路大军全部无功而返。