成吉思汗怅然若失，叹息不已。就在他的叹息声中，蒙古兵把俘虏们就地处决。有人把札兰丁可爱的儿子带到成吉思汗面前，成吉思汗看了一眼，说：“要斩草除根。”
申河河畔一片惨叫和血污，花剌子模经此一战，彻底灭国，札兰丁跑到忻都后，虽然仍和蒙古人作对，但他再也没能集聚起一支和蒙古人抗衡的大军了。1231年，札兰丁劫数难逃，被追击他多年的蒙古人所杀。
申河河畔的大战，彻底摧毁了花剌子模的有生力量。但成吉思汗对札兰丁仍然不放心，用他的话说，此人艺高胆大，给个机会，他就能掀起风浪，要像处决他儿子一样，斩草除根。
察合台小心翼翼地问：“不活捉了吗？”
成吉思汗想了想，摇了摇头，说：“斩草除根。”
两员大将横渡申河，沿申河东岸搜寻札兰丁。但搜寻几十天，连札兰丁的影子都未见到。两员大将既已进入一个新国家，当然不能空手而回，于是找了个叫木尔滩的城池，猛攻数日，一无所得。春天来时，蒙古人受不了当地的酷热气候，所以悻悻而退。
1222年春，成吉思汗下达扫荡申河花剌子模残余势力的命令，这次扫荡远比呼罗珊大扫荡仁慈得多，首先是申河流域的花剌子模残余实力不济，其次是他们内讧不断，采取为敌复仇的模式为成吉思汗扫清了障碍，所以1222年七月，成吉思汗轻松地扫平了申河流域。