然而，《故事新编》古今杂糅，它的表象能指与深层所指之间有着一定的距离，因而它的寓意十分隐晦。透过这些想象奇诡、光彩炫目的能指表象，发掘出潜藏在《故事新编》光怪陆离的能指之内的深层寓意所指显然具有相当的困难。正如高远东所言：“无论是对于过去还是未来，鲁迅式的写作都意味着一种与民族的历史、道德、文化和问题发生广泛而深刻的纠结的方式……但鲁迅的实践其实反倒拥有作为经典规范的反规范特性，这一悖论或能令我们在理解鲁迅小说本文及其语境与解读本文及其语境之间的辩证关系及所谓经典的意义的相对性时产生顿悟。”[25]在《故事新编》的序言中，鲁迅曾说《补天》是“解释创造——人和文学——的缘起”，后来又说他“是在描写性的发动和创造，以致衰亡的”，鲁迅的话带有极大的寓意性，是解开《故事新编》寓意之谜的金钥匙。《故事新编》中的每一篇作品，其实都是写历史文化的“缘起”，“以致衰亡”的寓言。这正是鲁迅立足于现实世界来重新审视历史文化传统的结果。