正统十年(1445年)，是决定商辂命运的关键一年。商辂以浙江解元的身份进京再次参加会试和廷试，这一次他取得第一名，成为了会元，这就意味着他是这一年全国进士考试的第一名。在殿试考试中，商辂再一次夺魁，完成了他的愿望。明英宗朱祁镇也更加看重他，钦点他为状元，创造了“连中三元”的历史性记录。
正统十四年(1449年)，经历了悲惨的“土木堡之变”后，商辂与刘俨等人进学东阁。朱祁镇被俘之际，于谦等大臣力主郕王监国，才使大明朝躲过了一场灾祸。这时候，商辂受陈循、高谷等人的举荐与彭时同入内阁，参预机务。上任之后，他便极力反对“南迁”，主张要誓死抵抗瓦剌人。
景泰元年（1450年），朱祁镇返回京城当太上皇，因商辂在居庸关迎接朱祁镇有功，被升为翰林学士，迁兵部左侍郎，兼左春坊大学士。景泰八年（1457年），当了八年太上皇的朱祁镇在石亨、徐有贞等人的策划下，趁朱祁钰病重之际，发动了“夺门之变”，改年号为天顺。