姚总督被活活气死后，进行了辞世后的离任审计，竟然发现他在任期间，利用修缮船舶、军械，造假账冒领贪污军饷四万七千多两银子，应该追缴。康熙皇帝念其收复台湾的功劳，全部豁免。也算是功过相抵了。[4]
[1] 《台湾外记·卷六》，第200页。见《康熙大帝传》，吉林文史出版社，第138页。
[2] 见《清史稿·卷二百六十·列传四十七·姚启圣传》，线装书局，第1500页。
[3] 见邓孔昭著：《论姚启圣》，《台湾研究资料》1984年第一期。引自《康熙大帝传》，吉林文史出版社，第146页。
[4] 见《清史稿·卷二百六十·列传第四十七·姚启圣传》，线装书局，第1501页。
六、康熙决策武力收复台湾
对于台湾取何种态度，也是清政府反复争论的问题，以鳌拜为首的保守势力极力压制进取台湾的主张，但是康熙皇帝一直主张进取台湾，在平定“三藩”之乱后，启用主张统一台湾的姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督，筹划武装统一台湾。这样明清之际第二位主张台湾回归祖国怀抱的大将军、民族英雄施琅登上历史舞台，继承了郑成功统一台湾的千秋大业。而这位施琅将军却和郑芝龙、郑成功家族有着解不开的恩恩怨怨，但他终以统一大业为重，放弃私人恩怨，在血战澎湖消灭郑军海上主力，在形成强大军事威慑的前提下，以和平手段收复台湾，最终完成祖国统一大业。