从时间上来看，荥阳大会也有问题。据称，荥阳大会结束于“壬子”日，这一天应该是崇祯八年正月初一日（公元1635年2月17日）。由此可知大会应该是在崇祯七年十二月底召开的。但史料表明，农民军入荥阳是崇祯八年正月初的事，攻克荥阳是在正月初六日。正月初一尚没有到达荥阳的农民军，又怎么能开荥阳大会？
从会议背景来看，荥阳大会也不能成立。按照吴伟业的说法，农民军之所以要召开会议，是因为他们已获悉了朝廷即将向河南征调关宁、天津等地精锐之师的消息。但根据当时朝廷的机要来看，崇祯帝接到给事中常自裕奏章的时间，以及兵部（尚书张凤翼）议兵、户部（尚书侯恂）议饷的时间，都是在崇祯八年正月上旬、中旬。而皇帝最终批准的时间，是正月二十三日，那时凤阳城早被农民军攻陷了。既然是八年正月下旬才确定下来的，而且又是当时最为机密的军事方案，农民军又怎么能在崇祯七年十二月底侦知？
另外，后来农民军各部的实际攻击方向，与荥阳大会上议定的分兵安排，也大有出入。如按会议决定，横天王、混十万本应迎击从陕西杀来的洪承畴诸部，但实际上这些部队后来却南下攻到了汝宁府的上蔡等地，然后又向东攻击南直隶颍州府境（今安徽阜阳地区）。又如本应南下抵挡湖广之兵的革里眼，以及本应策应各部的老回回、九条龙等部，后来也攻到了今安徽境内，其中老回回部又于二月间杀向了湖广的麻城。再如曹操、过天龙等部，本应留在荥阳、汜水等黄河一线，拖住河南的官兵，但这支农民军后来并没有留在河南，而是南下杀入南直隶的庐州、安庆府，攻打霍山（属庐州府，今安徽英山）、英山（属庐州府，今安徽霍山）、太湖（属安庆府，今安徽太湖），然后进入湖广境内，攻破罗田（今湖北罗田）。由此可见，除了闯王等部东击之外，农民军各部实际的作战路线，与荥阳大会的所谓定向分兵进击的方案，根本不符。