叙利亚军队争取国家独立的行动，引发了叙利亚人的爱国的民族主义情绪。因此，开赴叙利亚的埃及军队遇到激烈的抵抗。同时，原在叙利亚工作的埃及军政人员和平民均陷于叙利亚人敌视的包围之中。多数阿拉伯国家对叙利亚军队要求脱离阿联的行动表示沉默，实际是支持叙利亚军队的政变行动。
这一系列事实，使纳赛尔和多数埃及人痛苦地承认这是一件已无挽回余地的事情。9月29日，纳赛尔发表谈话，强调阿拉伯民族的团结精神，认为应坚持阿拉伯人不打阿拉伯人的原则，他表示将承认叙利亚人民的愿望，命令埃及军队和官员撤离叙利亚。至此，叙利亚正式退出阿拉伯联合共和国，成立阿拉伯叙利亚共和国。
新政权新举措
阿拉伯叙利亚共和国成立后，新政权的首要任务是巩固主权的独立，全面地割断与埃及的一切联结，在政府机构和武装部队内清除极端亲纳赛尔的分子，解散民族联盟的叙利亚支部。同时，为了平息埃及人的报复，叙利亚军事委员会一再发表声明，表示叙利亚希望与埃及保持兄弟的友好关系，愿意在经济和外交方面进行合作。
军事委员会在政变后，就政权问题发表声明说，“一旦局势许可”，将立即举行自由选举。在过渡时期，任命叙利亚政界元老马蒙·库兹巴里博士为总理的文职政府。同年10月，库兹巴里又被推选为共和国总统兼任总理，表明军人集团无意于政权。