不久，蒙巴顿担任航空母舰“光辉”号舰长。1941年10月，丘吉尔又任命他为盟军联合作战部顾问，负责制定作战计划，做好欧洲登陆的准备，以及搞到一切进攻所需的给养和必需品。1941年12月，在蒙巴顿指挥下，联合作战部组织了第一次袭击，目标是挪威的南部与北部岛屿。虽然这次袭击规模不大，但它是海军部队、陆军突击队与空军三方第一次成功的协同作战。美国参战后，丘吉尔又向蒙巴顿明确指示，联合作战部的任务除组织空袭和远征外，最终目标是解放法国。
1942年3月，41岁的蒙巴顿被授予海军中将军衔和陆军中将与空军中将荣誉军衔，并担任盟军联合作战司令和参谋长委员会委员。
在英帕尔战役中
1942年，日本军队占领了包括菲律宾、印度尼西亚、马来亚、缅甸、泰国等在内的东南亚和西南太平洋广大区域，并企图通过缅甸北部进入印度东部，彻底切断中国的外援，迫使英国退出远东战争，形势岌岌可危。
1943年8月，美英政府首脑在魁北克举行会议，决定成立东南亚司令部，并任命英海军中将路易斯·蒙巴顿勋爵为总司令，任命史迪威为副总司令，直接受英美参谋长联合委员会指挥。