在唐绍仪内阁的10名国务员中，同盟会员有蔡元培、宋教仁、王宠惠、陈其美和新入会的国务总理唐绍仪，正好占半数，因此这个内阁被称为“同盟会内阁”。但事实上同盟会并没有掌握实权，内阁中的内务、陆军、海军、财政、外交等几个重要部门都由袁世凯的亲信或支持者掌握，可以说唐绍仪内阁的实权基本上由袁世凯所控制。
3月31日，袁世凯任命黄兴为南京留守。《南京留守条例》规定：南京留守直隶大总统，有维持整理南方各军及南京地面之责；凡南方陆军、水师、要塞及南京府知事、交涉、巡警所管事务，均归留守统理；南方各军及南京地方各官厅人员，统由留守会同江苏都督任免，申报大总统；南方如有事变，留守得先调遣军队、军舰，相机处置，随即申报大总统；南京留守府俟南京军队整理就绪，即行裁撤。可见，南京留守府的设置，只不过是袁世凯为安置黄兴以维持南方局势稳定的暂时举措。
同一天，同盟会在南京商务总会为孙中山解除临时大总统职务开饯别会，到会会员约400多人（或曰1000人）。孙中山当场发表关于民生主义与社会革命的长篇演说，认为“本党所抱民族、民权主义已达，今后实行民生主义”。