通琇对修禅和读书的关系也有独特的见解。其门人称：“师自出世以来，大事未明者，惟专一参究，内外典籍，概不许私阅。”但这不是说他反对读书。他引“古德”的话说：“通宗不通教，开口便乱道。”在他看来，证悟是重要的，“未明大事”，读书就会走入“邪魔”；悟后不读经教，就会胡说八道。所以，他要求读书要有明确的目的，读什么书要有轻重次序。他说：“看书当先究明诸家宗旨，次及诸祖语录。宗旨洞明，语录遍览，方可看教。”[31]这对近、现代佛家教育理论有直接影响，对推动佛教适应社会发展是有益的。
清前期曹洞宗僧人多出自湛然圆澄和无明慧经门下，前者称云门系，后者称寿昌系。虽然云门系的法系延续时间较长，但最初具有影响力的禅师，仍出自寿昌系。
云门系的湛然圆澄在江南弘教传禅二十年，其门下弟子众多，枝派繁盛，可与临济宗的天童系相比。他的最知名的弟子是三宜明盂（1599—1665年），著有《语录》、《杂著》等。他在“癸未至丁亥（1643—1647）五年，度僧累千百人，秉戒者数千人，请益者万人，开悟者数十百人”。明盂还十分注重讲经：“吾耻近世禅者高心空腹，不明一经，故劳劳讲席。”[32]这也是当时禅僧中的一种风气。明盂有弟子数十人，知名者为俍亭净挺、西遁净超。