联省自治潮流的兴起，姑无论其实质如何，但至少对北京政府的中央集权是不利的。虽然当时的北京中央政府处于弱势地位，但控制政府的大军阀总是企图有朝一日统一全国，当然反对地方小军阀的自治之举。直奉战后，直系对联省自治的态度同样如此，吴佩孚甚而干脆指责联省自治是“豪强割据，部落称尊，又附会分权之说以自饰其乱”。黎元洪对联省自治的态度却有不同。直系虽一手策划了黎的复职，但其拥曹锟出任总统的态势亦很明显，故黎元洪为了在总统位置上多留时日，企望借南方而自重，对以南方各省为主体的联省自治运动态度宽容。7月1日，黎元洪发布总统令，表示尊重地方自治，并称：“国会将来制定宪法，所有中央与各省权限，必能审中外之情形，救偏畸之弊害。一候宪典告成，政府定能遵守，切实施行。”在国会内部，也有不少议员对联省自治主张颇感兴趣。8月26日，国会宪法审议会通过制宪原则：“各省于不抵触国宪范围内得自制省宪，地方制度章内应规定关于省宪各原则。”可是，他们的主张却遭到曹锟、吴佩孚的强烈反对，曹、吴对联省自治明确表示“不予赞同”，由直系“统一”全国才是他们追求的基本目标。因此，7月5日和11日吴佩孚两次致电赵恒惕（后电与曹锟联名）称：“研究联省自治制，与单一国家制相抵触。所谓省区为国之固有版图，若强拟于邦州之列，不免有削足适履之嫌。”“我国本属单一国家，数千年因袭已久”；“酌情度势要在扩充自治精神，不宜采取联邦之形式”。7月7日，吴佩孚又致电唐继尧说：“愚意但求自治之实，不必更骛联省之名……今若另开联省会议，非徒有蔑视国会之嫌，正恐横生枝节，纠纷益集，且亦非护法诸公所宜出也。”在曹锟、吴佩孚的直接控制下，黎元洪对政治的主张不敢越轨，他对联省自治的支持也只能停留于一些口头表示。