桓温秉着诬赖你就诬赖你的原则，于太和六年（公元371年）十一月，带兵入朝，威逼褚太后废除司马奕的帝位。
褚太后被迫无奈，只得集百官于朝堂，下诏废司马奕为东海王，司马奕也成了晋废帝。
桓温达到目的之后，亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝，拥立为帝，是为晋简文帝，改元咸安。
晋朝开国百余年，从未发生废立之事。如今桓温擅行废立，令百官震栗，人人自危。
第66章 桓温的结局
桓温废掉皇帝，虽然达到了自己的目的——树立个人的绝对权威，但是，也令人侧目，一不小心，就是株连九族的结局。
前秦皇帝苻坚对桓温这种做法，非常的不以为然，他道：“桓温此前败于灞上，而今又败于枋头，十五年内两次使国家军队遭受重大打击。不但不反思过错，向百姓谢罪，竟还废黜君主。六十岁的老叟如此举动，如何自容于天下？”
桓温大权在握，也觉得暗藏危险，当下对朝中的异己力量大加废徙。
武陵王司马晞好习武事，又在朝中担任太宰重职，素为桓温所忌。桓温以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾司马晞，免去司马晞与其子司马综、司马囗的官职，让他们返回封地。之后，桓温又逼新蔡王司马晃自首，称与司马晞、司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人谋反，将他们收付廷尉，请予诛杀。