日军进行抢掠，对住在南京的外国人也未放过。路透社记者史密斯报告：日军挨家挨户地搜括抢劫，什么都要。他们把该城抢劫一空。中国人的房屋无一例外地都遭日本人的抢劫。连欧洲人的房子也大部分遭到了日本人的抢劫。屋顶上飘着的欧洲国家国旗被日本人降了下来。德国人报告也说：“来自任何国家的所有使馆都遭受抢劫。”德国人60幢房屋有40幢遭不同程度的抢劫，4幢房屋被烧毁。南京全市1/3都被日本人所毁。
日军在南京城内大肆放火焚毁。焚烧紧接在抢劫一系列商店以后。苏联大使馆1938年初被烧掉。两处主要的德国商业房产，上面还飘着纳粹旗，都在焚烧之列。日军的暴行一直延续到1938年2月6日或7日。此后直到夏季，仍有许多严重案件发生。
（四）安全区内同样杀戮奸淫
当11月下旬日军向南京进攻期间，金陵大学校董事会董事长杭立武与在南京外籍人士，包括教会学校中的美国友人，和英、德两国的教师、商人，为了救护城内的大批平民，预筹组织了国际救济机构“南京安全区国际委员会”（International Committee for the Nanking Safety Zone）。由德国西门子公司驻南京代表约翰·D.拉贝任主席，金陵大学历史系美籍教授M.S.贝德士等人为委员，金陵大学社会学系教授S.C.史迈士为秘书。开始由杭立武任安全区主任，后由安全区副主任费吴生任代理主任。安全区国际委员会成立后，日本方面也曾保证：“难民区倘无中国军队或军事机关，则日军不致故意加以攻击。”南京城沦陷后，成千上万的当地居民和外地难民避入“安全区”。但是“安全区”并未能使难民逃脱日军肆意的杀戮和奸淫。